Der Astronaut Taylor ist in einem Raumschiff im Weltraum unterwegs und spricht gerade seinen letzten Logbuch-Report auf Band, bevor er sich zu den mitfliegenden Astronauten Landon, Dodge und Stewart in den künstlichen Tiefschlaf begibt. Obwohl die vier die Erde des Jahres 1972 erst vor sechs Monaten verlassen haben, schreibt man dort inzwischen aufgrund der Zeitdilatation bei annähernder Lichtgeschwindigkeit das Jahr 2673. Taylor bekräftigt, dass er die Erde des 20. Jahrhunderts ohne Bedauern verlassen habe, und kritisiert die Menschheit, die sich in Kriegen gegenseitig umbringe.

Ein Raumschiff von der Erde macht eine Bruchlandung in einer trockenen Landschaft auf einem unbekannten Planeten. An Bord befinden sich zwei Astronauten, Brent und der Kapitän. Ihr Auftrag lautet, den verschollenen Astronauten Taylor und seine Mannschaft zu finden. Als Brent kurz vor dem Absturz eine Überprüfung der Erdzeit auf den entsprechenden Instrumenten vornimmt, liest er das Jahr 4955 (im Originalton: 3955) ab. Da die beiden Astronauten dieselbe Flugbahn wie Taylor geflogen sind, geht Brent davon aus, dass Taylor und seine Crew ebenfalls abgestürzt sind. Als der Skipper kurz darauf stirbt und von Brent beerdigt wird, nähert sich ihm eine Frau auf einem Pferd: Es ist Nova, die stumme Frau, die im ersten Film der Reihe zusammen mit Taylor aus der Affenstadt geflohen ist. Brent entdeckt Taylors Erkennungsmarke, die sie um ihren Hals trägt, und bittet sie, ihn zu Taylor zu führen, doch stattdessen führt sie ihn direkt in die Stadt der Affen.

Im Jahr 2029 bildet Astronaut Leo Davidson an Bord der Raumstation Oberon der United States Air Force Menschenaffen, deren Chromosome gentechnisch verändert wurden, für Weltraumoperationen aus. Als ein herannahender elektromagnetischer Sturm gesichtet wird, entsendet die Oberon zu dessen näherer Erkundung den Schimpansen Pericles in einer Weltraumkapsel in den Sturm. Kurz darauf weicht die Kapsel von ihrem Kurs ab und die Raumstation verliert jeglichen Kontakt zu ihr. Daraufhin widersetzt sich Leo dem Befehl seines Vorgesetzten und fliegt selbst in einer weiteren Raumkapsel hinterher. Als er sich dem Sturm nähert, gerät er in ein wurmlochähnliches Phänomen und verliert die Kontrolle über die Kapsel. Während diese sich einem unbekannten Planeten nähert, beobachtet Leo seine Datumsanzeige im Cockpit, die um mehrere hundert Jahre nach vorne schnellt.