Im Jahr 2016 verhindern die Agenten High T und H auf dem Eiffelturm in Paris eine Invasion der Erde durch eine als „Der Schwarm“ bekannte Alien-Spezies. In der nachfolgenden Szene, die 20 Jahre zuvor in New York spielt, erlebt die junge Molly Wright, wie ihre Eltern nach der Begegnung mit einem Alien von den Men in Black neuralisiert werden. Dem kleinen Alien, das sich bei Auftauchen der Men in Black in ihrem Zimmer versteckt hält, verhilft sie zur Flucht.

Nick Fury und Maria Hill begeben sich in das Städtchen Ixtenco in Mexiko, dessen Einwohner von einem energiereichen Zyklon berichtet haben, der ein Gesicht getragen haben soll und hier vieles zerstört hat. Eine unbekannte Person stößt zu ihnen, die ihnen hilft, die Kreatur zu bekämpfen.

Der Film basiert auf dem 2011 veröffentlichten Roman The One and Only Ivan (unter den Titeln Der unvergleichliche Ivan und Der einzig wahre Ivan von Ingrid Ickler übersetzt im Knesebeck Verlag erschienen) der US-amerikanischen Science-Fiction-Autorin Katherine Applegate, illustriert von Patricia Castelao und veröffentlicht von HarperCollins. Die Autorin wurde 2013 von der American Library Association für ihre Arbeit mit der Newbery-Medaille ausgezeichnet. Die Geschichte ist aus der Sicht eines Gorillas geschrieben, der in einem Glaskäfig in einem Einkaufszentrum lebt.