Der Film erzählt die Geschichte des Priesters Edward Flanagan, der 1917 in Nebraska ein Heim für verwahrloste Jungen aufbaut. Aus dem ursprünglich kleinen Heim entsteht Flanagans Boys Town. Flanagans Arbeit steht ständig vor dem finanziellen Aus und in der Kritik der Öffentlichkeit. Der Priester ist jedoch der Meinung, dass niemand schlecht geboren, sondern von den gesellschaftlichen Umständen auf die schiefe Bahn geführt werde. Die Jungenstadt führt er mit liebevoller, eiserner Hand und führt die Jungen zur Selbstverwaltung und Selbstverantwortung. Regelmäßig wählen die Jungen einen „Bürgermeister“, der sich um ihre Belange kümmert.

Der an der Charité arbeitende Arzt Paul Ehrlich ist unzufrieden mit seiner Arbeit, da er mit dem Behandeln von Patienten auf der Stelle tritt und allein mit der Praxis keinerlei Fortschritte in der Bekämpfung der Syphilis erzielen kann. Mit seinem Drang, auch wissenschaftlich arbeiten zu wollen, stößt er bei seinen Kollegen und Vorgesetzten auf Unverständnis, die ihn wiederholt an seine Pflichten als Mitarbeiter der Klinik erinnern. Er will kündigen, doch seine Frau Hedwig überzeugt ihn vom Gegenteil.