Ähnlich wie Z thematisiert der unsichtbare Aufstand die Verhältnisse in einem autoritär regierten Regime kurz vor einer Militärdiktatur, hier bezogen auf Uruguay im Jahr 1970. Und ähnlich wie Z fußt der Film auf realen Ereignissen, die hier den in der breiteren Öffentlichkeit kaum beachteten Fall des als Entwicklungshelfer getarnten US-amerikanischen Agenten Daniel Mitrione aufgreifen, der 1970 der Regierung in Uruguay beratend zur Seite gestellt worden war, bis er von Stadtguerillas entführt und ermordet wurde.

Ein Auktionator in Montreal versteigert verschiedene Streichinstrumente, unter anderem eine Stradivari. Der Höhepunkt der Versteigerung kommt zuletzt, es ist die sogenannte rote Violine. In Rückblenden sehen wir die Entstehung und den Lebenslauf des besagten Musikinstruments. Der italienische Geigenbaumeister Nicolo Bussotti aus Cremona baut sein Meisterwerk im Jahre 1681. Seine Frau Anna ist derweil hochschwanger und ahnt Schlimmes. Sie befragt die Dienerin Cesca, die ihr die Zukunft aus den Karten liest. Sie sagt ihr ein langes Leben und eine lange Reise voraus, doch Anna stirbt bei der Geburt, wie auch das Neugeborene. Ihr Mann ist tief erschüttert, er mischt das Blut seiner geliebten Frau in den Lack und färbt damit seine Violine – sein letztes Werk – rot.