Jacob Portman ist 15 Jahre alt und an seiner Schule ein isolierter Außenseiter, als er mit ansehen muss, wie sein Großvater Abraham stirbt. Er findet ihn eines Nachts tödlich verletzt in dem dunklen Wald hinter seinem Haus. Wo vorher die Augen seines Großvaters waren, sind nur noch zwei dunkle Löcher; jemand hat ihn seiner Augäpfel beraubt. Abraham erteilt seinem Enkel mit letzter Kraft den Auftrag, auf die Insel nach Wales zu reisen, auf die er während des Zweiten Weltkrieges geflüchtet war, und dort eine gewisse Miss Peregrine zu suchen. Im Wald hat Jacob eine riesenhafte Gestalt gesehen. Das offizielle Ermittlungsergebnis ist aber, dass sein Großvater von einem Hund verstümmelt worden ist. Seine Eltern schicken ihn zu der Psychiaterin Dr. Golan. Jacob erinnert sich an die Geschichten, die sein Großvater ihm über die Insel erzählt hat, auf der er mit vielen anderen Kindern gelebt haben will, die alle über außergewöhnliche Fähigkeiten verfügten.